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alguna solución?...he leído que se toma el modo de mayor masa transaccional en dirección X e Y y se le aplica ese signo a las fuerzas, no se de que forma ( ya que para cada punto habria que hacer eso lo que seria muy largo) algun método que conozcan

Lo que hace SAFE es exportar desde tu modelo ETABS (o SAP2000), el aporte de cada modo y posteriormente, en el mismo SAFE, lo combina mediante CQC o SRSS (no recuerdo bien), por eso pierdes el signo y te muestra solo valores positivos. Lo mismo pasa en ETABS cuando ves diagramas de fuerzas sísmicos...